A Direção da Associação Humanitária “Os Amigos de Colmeias” e demais elementos dos órgãos sociais, são eleitos em assembleia geral de associados para mandatos de 4 anos. As contas anuais, após parecer favorável do Conselho Fiscal, são submetidas à aprovação em assembleia geral de associados, sendo que após aprovação, as mesmas são publicitadas no site da Associação e lançadas na plataforma da Segurança Social - OCIP.
As diretrizes gerais do funcionamento da atividade são definidas pela Direção da Associação Humanitária, em reuniões deste órgão e após ouvir os vários elementos da equipa técnica. Sempre que os assuntos o justifiquem, a Direção procura auscultar os demais elementos dos órgãos sociais, para que de uma forma mais abrangente, haja a participação de todos na definição das orientações estratégicas da Associação. Estas orientações são depois colocadas em prática pela equipa técnica da Associação, que através de reuniões gerais ou de pequenos encontros com os colaboradores para auscultar as suas opiniões e sugestões, procura assim mobilizar todos os elementos na prossecução dos objetivos definidos. A Associação remunera os seus colaboradores de acordo com as tabelas para este sector de atividade, objeto de negociação em contrato coletivo de trabalho, procurando ainda criar um conjunto de incentivos para a promoção do equilíbrio entre a atividade profissional e a vida familiar.